按照《国家税务总局关于印发〈企业所得税汇算清缴管理办法〉的通知》（国税发[2009]79号）第三条及《企业所得税核定征收办法（试行）》（国税发[2008]30号）第十三条规定，实行按收入总额核定应税所得率征收所得税的纳税人年度终了后也要对全年的应纳所得税进行汇算清缴，汇算清缴期为年度终了后的5个月内。

　　汇算清缴的目的，一是按上一年度应纳税额的1/12或1/4预缴的纳税人年终需要汇算清缴；二是在税法没有明确之前，按收入总额核定征收所得税纳税人的“收入总额”范围应当与核实征收企业所得税纳税人一致，需要在年度汇算时进行归集；三是“不征税收入”和“免税收入”包含的项目比较多，需要在年度汇算清缴时进行确认调整；四是纳税人的主营业务项目发生变化、或者实际应纳税所得额与按核定应税所得率计算的应纳税所得额增减变化超过税法规定幅度时也需要申报调整上年度已确定的应税所得率。具体汇算的内容与方法如下。

　　收入总额的确定

　　按照《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函[2009]377号）第二条规定，按收入定率征收所得税的纳税人其“应税收入额”等于收入总额减去不征税收入和免税收入后的余额，用公式表示为：应税收入额＝收入总额－不征税收入－免税收入，其中，收入总额为企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入。《中华人民共和国企业所得税法》第六条、第七条、第二十六条以及《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税月（季度）度预缴纳税申报表〉等报表的公告》（国家税务总局公告2011年第64号）中的《〈中华人民共和国企业所得税月（季度）度和年度纳税申报表（B类）〉填报说明》分别明确： 企业所得税的“收入总额”除账面核算的主营业务收入、其他业务收入、公允价值变动净收益、投资收益和营业外收入外，还应当按照税法规定对其不征税收入、免税收入、减计收入、视同销售收入、接受捐赠收入、利息收入、重组业务收入、扣折让收入、确认递延收益的政府补助、境外所得、税法特别规定的非依照权责发生制确认的收入、符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益、公允价值变动净收益、逾期未退包装物押金收入、确实无法偿付的应付款项、已作坏账损失处理后又收回的应收款项等进行调整等。“不征税收入”指财政拨款、依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金以及国务院规定的其他不征税收入。“免税收入”指记入收入总额但属于税收规定免税的收入或收益，包括：国债利息收入、符合条件的居民企业之间的股息（红利）等权益性投资收益、在中国境内设立机构（场所）的非居民企业从居民企业取得与该机构（场所）有实际联系的股息（红利）等权益性投资收益以及符合条件的非营利组织的收入等。因此，在税法没有对核定征收所得税纳税人的“收入总额”、“ 不征税收入”、“ 免税收入”的范围作出特别规定前，其包括的范围应当与核实征收企业所得税纳税人一致。那么，调整的项目、调整的方法和口径也应当与核实征收所得税的纳税人一致，也就是说，实行按收入定率征收所得税的纳税人，年度汇算清缴时其“应税收入额”并不等于就是“主营业务收入”额。

　　例如：某企业因成本、费用核算资料残缺不全，2011年度经主管税务批准按“应税收入额”核定征收企业所得税，核定定率为15%，已预缴企业所得税7.5万元，该企业按《小企业会计制度》进行会计核算，2011年1~12月，账面核算主营业务收入200万元，其他业务收入40万元，公允价值变动净收益5万元，投资收益10万元，营业外收入3万元，其中：在主营业务收入中有不征税收入10万元，免税收入30万元；另外，按照税法规定，视同销售应调增收入18万元，接受捐赠直接记入“资本公积”科目应调增收入20万元，利息收入直接冲减“财务费用”应调增收入5万元，不符合税收规定的销售折扣和折让应调增收入2万元，按产品和服务完工进度确认应调增收入15万元，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益应调减收入10万元，公允价值变动净收益应调减收入5万元，逾期未退包装物押金收入、确实无法偿付的应付款项、已作坏账损失处理后又收回的应收款项等调增收入7万元，即：依照税法规定按账面核算资料确认“应税收入额”200－（10＋30）＋40＋5＋10＋3＝218（万元），按非账面核算资料调增“应税收入额”18＋20＋5＋2＋15－10－5＋7＝52（万元），合计在汇算清缴时应申报“应税收入额”218＋52＝270（万元），汇算清缴应补缴企业所得税270×15%×25%－7.5＝2.625（万元）。

　　不过，按照现行所得税政策规定，实行收入定率征收所得税纳税人，对不征税收入、免税收入亦应与应税收入分别核算，没分别核算或者不能准确核算的，其不征税收入和免税收入不能在计征所得税时从“收入总额”中减除。

　　确定实际所得率是否需要申报调整

　　按照国税发[2008]30号文件第七条、第九条规定，实行应税所得率方式核定征收企业所得税的纳税人，经营多业的，无论其经营项目是否单独核算，均由税务机关根据其主营项目（所有经营项目中，收入总额所占比重最大的项目）确定适用的应税所得率；纳税人的生产经营范围、主营业务发生重大变化，或者应纳税所得额或应纳税额增减变化达到20％的，应及时向税务机关申报调整已确定的应税所得率。而且在第十一条中还规定，税务机关应在每年6月底前对上年度实行核定征收企业所得税的纳税人进行重新鉴定。因此，实行按收入定率征收所得税的纳税人，在年度汇算清缴的时应当同时对主营项目和实际应纳税所得额与按核定的定率计算的应纳税所得额增减变化达到20％时，应当主动向主管税务机关申请重新核定应税所得率。