上海开展营业税改征增值税试点前，为解决中国东方航空公司营改增后增值税计算计算缴纳问题，税务总局与财政部下发了《财政部 国家税务总局关于中国东方航空公司执行总机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法的通知》（财税[2011]132号），明确在试点期间中国东方航空公司汇总计算总机构及其分支机构的应交增值税，抵减分支机构已缴纳的增值税和营业税后解缴入库。
上海航空有限公司是中国东方航空公司的全资子公司，也属于营改增试点企业。由于中国东方航空公司将上海航空有限公司的经营业务设定为分公司模式进行管理，上海航空有限公司的销售收入与进项税额不匹配，无法单独核算增值税应纳税额，因此，财税[2011]132号文只规定了非试点地区分支机构按照现行规定申报缴纳增值税和营业税。上海市国税局提出，上航应当并入东航汇总计算应纳税额，以真实反映企业的纳税情况，但财税[2011]132号文对试点地区的分支机构无需单独纳税没有专门条款进行表述，希望能进一步予以明确。
此外，由于中国东方航空公司提供的分支机构名单有误，财税[2011]132号文的附件2“中国东方航空公司总机构及其分支机构名单”中遗漏了中国东方航空股份有限公司云南分公司和中国东方航空股份有限公司济南飞行运营基地，上海市国税局也请总局予以增补。
鉴于上述原因，税务总局制定下发了《国家税务总局关于中国东方航空股份有限公司增值税计算缴纳有关问题的公告》，对相关问题予以明确。由于本公告是对财税[2011]132号文的补充，也有利于中国东方航空公司准确计税，减轻税收负担，因此将其执行日期设定为2012年1月1日。