按照财税[2012]39号文件的规定，出口企业未按期申报退（免）税、未按期申报开具出口货物代理证明、未按期收齐有关凭证的出口货物，可以适用免征增值税政策，出口企业未按照规定申报免征增值税的，应当依照规定适用征收增值税政策。作为已办理免抵退税的同一笔出口货物，究竟应当怎样选择适用征免增值税政策才对企业有利呢？
例1：某纺织公司属于可以出口退（免）税申报后提供出口收汇核销单的生产企业，2011年10月，公司以一般贸易方式出口货物棉布一批，出口离岸价5130002.96元，征税率17%，退税率17%，城建税7%，教育费附加3%.该笔出口货物当月取得出口报关单退税联和电子信息，公司2011年11月办理免抵退税单证信息齐全申报，计算免抵退税额872100.50元。2012年5月，公司逾期未收汇核销，主管税务机关通知公司依照规定补缴免抵退税款，并依照规定已视同内销征税。2012年7月，公司逾期仍未收汇核销，按照财税[2012]39号文件的规定，该公司可以选择在2012年8月申报适用免征增值税政策，也可以选择仍然适用征收增值税政策。
方案一：适用免征增值税政策
补缴免抵退税额=5130002.96×17%=872100.50（元）。
由于出口货物免税，因而其补缴免抵退税额应当相应列入营业成本，减少出口企业利润。
因此，企业当期减少利润=补缴免抵退税额=872100.50（元）。
方案二：适用征收增值税政策
销项税额=5130002.96÷（1+17%）×17%=745385.05（元）。
由于出口货物适用征收增值税政策，因而其补缴免抵退税额872100.50元应当红字记入“应交税费--应交增值税（出口退税）”科目贷方，这将减少企业应交增值税，但不减少企业利润。
应交增值税=745385.05－872100.50 =-126715.45（元）。
应交增值税为负数，当期没有应交城建税及附加，但将抵减以后的应交城建税及附加，相应增加企业利润。
应交城建税及附加=-126715.45×（7%+3%）=-12671.55（元）。
企业当期减少利润=745385.05－12671.55=732713.5（元）。
由此可见，在出口货物已计算办理免抵退税的情况下，生产企业出口货物选择适用征收增值税政策（公司减少利润732713.5元）比选择适用免征增值税政策（公司减少利润872100.50元）更有利些，当期少减企业利润139387元（732713.5－872100.50=-139387）。
上述结论是在征退税率一致的情况下得出的，那么在征退税率存在差异的情况下，对已计算办理免抵退税的出口货物，生产企业应当怎样选择适用征免增值税政策呢？
例2：假设例1中的出口货物退税率为16%，除依照规定计算免抵退税额和免抵退税不得免征和抵扣税额以外，其他内容不变。
方案一：适用免征增值税政策
补缴免抵退税额=5130002.96×16%=820800.47（元）。
由于出口货物免税，因而其补缴免抵退税额应当相应列入营业成本，减少企业利润。

由于出口货物以前已经计算免抵退税不得免征和抵扣税额并转入成本，因而对企业当期利润没有影响，但会减少该笔出口货物利润5130002.96×（17%-16%）=51300.03（元）。

因此，企业当期减少利润= 820800.47（元）。
方案二：适用征收增值税政策
销项税额=5130002.96÷（1+17%）×17%=745385.05（元）。
由于出口货物适用征收增值税政策，因而应当将以前免抵退税不得免征和抵扣税额转回进项税额=5130002.96×（17%-16%）=51300.03元，增加企业当期利润，但不增加该笔出口货物利润。
由于出口货物适用征收增值税政策，因而其补缴免抵退税额820800.47元应当红字记入“应交税费--应交增值税（出口退税）”科目贷方，因而将减少出口企业应交增值税，但不减少企业利润。
应交增值税=745385.05－820800.47－51300.03=-126715.45（元）。
应交增值税为负数，当期没有应交城建税及附加，但将抵减以后的应交城建税及附加，相应增加企业利润。
应交城建税及附加=-126715.45×（7%+3%）=-12671.55（元）。
企业当期减少利润=745385.05－51300.03－12671.55=681413.47（元）。
由此可见，在出口货物已计算办理免抵退税的情况下，生产企业出口货物适用征收增值税政策（公司减少利润681413.47元）比选择适用免征增值税政策（公司减少利润820800.47元）更有利些，当期少减利润139387元（681413.47－820800.47=-139387）。
已计算办理免抵退税的出口货物适用征免增值税政策对生产企业利润的影响各不相同，其根本原因就在于免抵退税额和免抵退税不得免征和抵扣税额是按照出口货物含税的离岸价计算的，销项税额是按照出口货物不含税的离岸价计算的，补缴的免抵退税额在出口货物免税时应当计入成本，在出口货物适用征收增值税政策时不计入成本，因此，如果（销项税额－免抵退税不得免征和抵扣税额）＜补缴免抵退税额，那么已计算办理免抵退税的出口货物适用征收增值税政策就比适用免税政策对企业有利；相反，如果（销项税额－免抵退税不得免征和抵扣税额）＞免抵退税额，那么已计算办理免抵退税的出口货物适用免税政策就比适用征收增值税政策对企业有利些。
为什么已计算办理免抵退税额的相同出口金额相同征税率的出口货物，在其适用征收增值税政策时无论征退税率是否一致，其应纳增值税都是相同的？这是由于征退税率相同时的应纳增值税=销项税额－免抵退税额，征退税率不一致时的应纳增值税=销项税额－免抵退税额－免抵退税不得免征和抵扣税额，无论征退税率是否一致，其销项税额都是相同的，而征退税率不一致时的免抵退税额＋免抵退税不得免征和抵扣税额=征退税率一致时的免抵退税额，因此已计算办理免抵退税额的相同出口金额相同征税率的出口货物，在其视同内销征税时无论征退税率是否一致，其应纳增值税都是相同的。
上述两个案例都是出口货物已经计算办理免抵退税的情况，那么，未计算办理免抵退税的出口货物在依照规定可以选择适用征免增值税政策的情况下，生产企业应当如何选择呢？
例3：假设上述例2中2011年11月出口货物由于报关单信息不齐未计算办理免抵退税，只依照规定计算转出免抵退税不得免征和抵扣税额，2012年5月视同内销征税时未补缴免抵退税款，2012年8月无不可划分的进项税额，其他内容不变。

方案一：免征增值税
由于出口货物免征增值税，其以前已经计算转出的免抵退税不得免征和抵扣税额不再转回，对出口企业当期利润没有影响，但减少该笔出口货物利润5130002.96×（17%-16%）=51300.03（元）。
在当月无不可划分进项税额的情况下，当月没有相应进项税额转出，对出口企业利润没有任何影响。
因此，企业当期减少利润=0（元）。
方案二：征收增值税
销项税额=5130002.96÷（1+17%）×17%=745385.05（元）。
由于出口货物视同内销征税，因而应当将以前免抵退税不得免征和抵扣税额转回进项税额=5130002.96×（17%-16%）=51300.03元，增加企业当期利润。
应交增值税=745385.05－51300.03=694085.02（元）。
应交城建税及附加=694085.02×（7%+3%）=69408.50（元）。
企业当期减少利润=745385.05－51300.03＋69408.50=763493.52（元）。
由上述可见，在未计算办理免抵退税额的情况下，生产企业出口货物适用免征增值税政策（减少企业利润0元）明显比适用征收增值税政策（减少出口企业利润763493.52元）对企业更有利些。
综上所述，一般说来，生产企业出口货物在未计算办理免抵退税的情况下，选择适用免征增值税政策比选择适用征收增值税政策对企业更有利些；生产企业出口货物在已计算办理免抵退税的情况下，选择适用征收增值税政策比选择适用免征增值税政策对企业更有利些。
需要说明的是，生产企业从2012年8月1日起申报办理出口货物免抵退税后需补齐相关凭证的只有两种情形。第一种是按照国家外汇管理局公告2012年第1号的规定，生产企业2012年8月1日前报关出口的货物，截至7月31日未到出口收汇核销期限但已核销以及已到出口收汇核销期限的，退（免）税申报后未依照规定提供出口收汇核销单的，税务机关应当依照规定追缴已办理的免抵退税额。第二种是按照《国家税务总局关于出口船舶、大型成套机电设备有关退（免）税问题的通知》（国税发[2004]79号）第二条规定，实行先退税后核销办法的生产企业办理免抵退税后，未依照规定提供退税凭证包括纸质凭证（如出口货物报关单等）和相关电子信息的，税务机关对已办理的免抵退税应当予以追回。
值得注意的是，外贸企业出口货物在可以选择适用征免增值税政策的情况下，无论是否已经办理出口退税，选择适用免征增值税政策无疑对外贸企业都是有利的。同样的，增值税小规模纳税人出口货物在可以选择适用征免增值税政策的情况下，选择适用免征增值税政策无疑对企业都是有利的。